Bakterien, Pilze und Viren sind wie eine Vielzahl anderer harmloser Mikroorganismen stets Bestandteil der Umwelt gesunder
Garnelen. Hierbei unterscheidet man nützliche, harmlose (apathogene) und Krankheiten erregende (pathogene) Bakterien, wobei die nützlichen überwiegen und die krankheitserregenden Bak- terien in
geringer Anzahl vorkommen und bei gesunden Garnelen keinen Schaden anrichten. Viele Bakterien sind harmlos, aber je nach Keimdichte, Keim und vor allem auch je nach Lokalisation und Immunität des
Wirts können sie auch sehr gefährlich sein. Bakterien befinden sich an der Körperoberfläche, im Magen-Darm-Trakt und bisweilen in der Hämolymphe (Blutkreislauf). Ebenso leben sie im Futter,
Wasser und Bodenmaterial. Hierbei handelt es
sich um sogenannte fakultativ pathogene (von sich aus krankheitserregende) Keime, die erst dann zu einer Erkrankung führen, wenn die Infektionsabwehr der Garnelen durch umweltbedingte Einflüsse wie Wasser, Temperatur, Salinität, chemische Stoffe oder durch Umweltfaktoren wie Transportstress, Überbesatz, eine Verletzung oder auch durch eine vorangegangene Krankheit oder Parasitenbefall geschwächt ist. Besonders infektiöse Erreger können bereits leicht gestresste Tiere infizieren, weniger infektiöse Erreger nur stärker gestresste. Solche Krankheiten, an deren Ausbruch mehrere Faktoren beteiligt sind, nennt man Faktorenkrankheiten die nur dann auftreten, wenn das ökologische Gleichgewicht gestört ist.
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